สาร (S)-tert-Butyl 2-cyanomorpholine-4-carboxylate ใช้หลักในฐานะสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่ซับซ้อนมากขึ้น โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม สารนี้มีบทบาทสำคัญในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) เนื่องจากคุณสมบัติโครงสร้างที่ช่วยในการสร้างโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะเจาะจง สารนี้มักถูกนำมาใช้ในการเตรียมสารประกอบแบบ chiral เนื่องจากสเตอรีโอเคมีของมันช่วยให้สามารถผลิตสารที่บริสุทธิ์ทางเอนานติโอเมอร์ได้ ซึ่งเป็นสิ่งสำคัญในกระบวนการพัฒนายา เนื่องจากประสิทธิภาพและความปลอดภัยของยาอาจขึ้นอยู่กับการกำหนดค่าทางสเตอรีโอเคมี นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างสารประกอบเฮเทอโรไซคลิก ซึ่งพบได้บ่อยในยาและสารเคมีเกษตร คุณสมบัติที่หลากหลายและปฏิกิริยาที่ดีทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในการทำเคมียารักษาและการค้นพบยา