(1S,3S)-3-Aminocyclopentanol hydrochloride ใช้หลักๆ ในงานวิจัยและพัฒนายาเภสัชกรรมในฐานะบล็อกสร้างชิรัลหรือตัวกลางในการสังเคราะห์โมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น สเตอริโอเคมีของมันทำให้มีคุณค่าในการสร้างสารประกอบที่บริสุทธิ์ทางเอ็นแอนติโอเมอร์ ซึ่งมีความสำคัญในการออกแบบยาเพื่อให้มั่นใจในความจำเพาะและลดผลข้างเคียง มันมักถูกนำมาใช้ในการเตรียมโมเลกุลชีวภาพ รวมถึงยารักษาที่มีศักยภาพสำหรับโรคทางระบบประสาท เนื่องจากโครงสร้างที่คล้ายคลึงกับสารสื่อประสาทบางชนิด นอกจากนี้ ยังอาจถูกนำไปใช้ในการพัฒนาลิแกนด์สำหรับการเร่งปฏิกิริยาแบบอะซิมเมตริก ซึ่งช่วยในการผลิตยาชิรัลหรือเคมีภัณฑ์ละเอียด รูปแบบไฮโดรคลอไรด์ช่วยเพิ่มความละลาย ทำให้เหมาะสมสำหรับสภาวะปฏิกิริยาต่างๆ ในการสังเคราะห์อินทรีย์