(1R,3S)-3-Aminocyclohexanecarboxylic acid hydrochloride ใช้หลักในการวิจัยและพัฒนายาในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม สารนี้ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบชีวภาพต่าง ๆ โดยเฉพาะยาที่มุ่งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาทและโรคเมแทบอลิซึม โครงสร้างแบบสเตอรีโอเคมีของสารนี้ทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างยาที่บริสุทธิ์ทางเอนานติโอเมอร์ ซึ่งจำเป็นสำหรับการให้ผลทางรักษาเฉพาะเจาะจงพร้อมผลข้างเคียงน้อยที่สุด

นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในการศึกษาการปรับเปลี่ยนเปปไทด์และเป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการออกแบบยาใหม่ที่มีประสิทธิภาพและความเลือกสรรสูงขึ้น