cis-4-Aminocyclohexanol hydrochloride ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่ขัดต่อระบบประสาทส่วนกลาง ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตสารประกอบที่มีคุณสมบัติแก้ปวดและต้านการอักเสบ นอกจากนี้ ยังใช้ในการเตรียมลิแกนด์คีรอลสำหรับการเร่งปฏิกิริยาแบบอะซิมเมตริก ซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพของปฏิกิริยาเคมีในการสังเคราะห์อินทรีย์ บทบาทในการสร้างโมเลกุลชีวภาพทำให้มีคุณค่าสำคัญในงานวิจัยเคมีเภสัชวิทยา