ใช้ในสังเคราะห์สารประกอบเปปไทด์และสารชีวโมเลกุลที่มีโครงสร้างซับซ้อน โดยทำหน้าที่เป็นตัวตั้งต้น (building block) ในการสร้างกรดอะมิโนที่มีหมู่ฟังก์ชันเฉพาะ โดยเฉพาะในกระบวนการสร้างโปรตีนหรือเปปไทด์สังเคราะห์ที่ต้องการควบคุมความเป็นออพติคัล (stereochemistry) หมู่ไอโอดีนทำให้สามารถใช้ในปฏิกิริยาเชิงออร์แกนิคมที่ต้องการตำแหน่งเฉพาะ เช่น การเชื่อมต่อคาร์บอน-คาร์บอนผ่านปฏิกิริยาพาลลาเดียมคาทาไลซ์ (เช่น Suzuki หรือ Heck coupling) ขณะที่หมู่ Boc (tert-butoxycarbonyl) ทำหน้าที่ป้องกันหมู่อะมิโนชั่วคราวในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์หลายขั้นตอน ซึ่งสามารถถอดหมู่ป้องกันออกได้ภายหลังโดยไม่ทำลายโครงสร้างหลัก นิยมใช้ในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมและเคมีเชิงชีวภาพ