(S)-2-Aminopentan-1-ol hydrochloride ใช้หลักในการวิจัยและพัฒนายาเภสัชกรรมในฐานะบล็อกก่อสร้างคีรอลสำหรับการสังเคราะห์ส่วนผสมยาสำคัญ (APIs) ต่างๆ ลักษณะคีรอลของมันทำให้มีคุณค่าในการสร้างสารประกอบบริสุทธิ์แบบเอนานติโอเมอร์ ซึ่งสำคัญสำหรับการพัฒนายาที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะเจาะจงและผลข้างเคียงที่ลดลง นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์สำหรับการเตรียมโมเลกุลซับซ้อน โดยเฉพาะในสาขาเคมียารักษา นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการศึกษากลไกทางชีวเคมีและปฏิกิริยาเอนไซม์ เนื่องจากโครงสร้างที่คล้ายกับแอมิโนอัลกอฮอลตามธรรมชาติ รูปแบบไฮโดรคลอไรด์ของมันช่วยเพิ่มความละลาย ทำให้เหมาะสำหรับใช้ในปฏิกิริยาที่มีฐานน้ำและสูตรยา