ทรานส์-2-อะมิโนไซโคลเพนเทนอล ไฮโดรคลอไรด์ ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นบล็อกสร้างที่มีคีรอล โครงสร้างของมันมีคุณค่าต่อการเตรียมเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบที่มีสเตอรีโอเคมีเฉพาะเจาะจง มักใช้ในการสังเคราะห์โมเลกุลชีวภาพที่ออกฤทธิ์ รวมถึงยาที่เล็งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาทหรือการติดเชื้อ ลักษณะคีรอลของสารประกอบช่วยให้สร้างสารบริสุทธิ์แบบเอ็นแอนติโอเมอร์ ซึ่งสำคัญในออกแบบยาเพื่อให้มั่นใจในประสิทธิภาพและลดผลข้างเคียง นอกจากนี้ยังทำหน้าที่เป็นสารกลางในการผลิตเคมีภัณฑ์ละเอียดและสารเคมีเกษตร ที่ต้องการการควบคุมสเตอรีโอเคมีอย่างแม่นยำ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่การวิจัยในตัวเร่งปฏิกิริยาคีรอลและการพัฒนาวิธีสังเคราะห์ใหม่ๆ