(S)-(1-Methylpiperidin-2-yl)methanol ใช้เป็น chiral building block ในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่กำหนดเป้าหมายต่อระบบประสาทส่วนกลาง ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญ (key intermediate) ในการผลิตสารประกอบที่มีศักยภาพในการรักษาโรคทางระบบประสาท นอกจากนี้ ยังนำมาใช้ใน asymmetric synthesis เพื่อสร้างสาร enantiomerically pure ซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะของ active pharmaceutical ingredients คุณสมบัติทางโครงสร้างทำให้มีคุณค่าใน medicinal chemistry สำหรับการออกแบบโมเลกุลที่มีโปรไฟล์เภสัชจลนศาสตร์ (pharmacokinetic profiles) ที่ดีขึ้น