ใช้ในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะสารที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาแก้ปวด หรือยาต้านอาการซึมเศร้า โครงสร้างไซโคลเฮกซานที่มีหมู่แอลกอฮอล์และหมู่อะมิโนทำให้สามารถทำปฏิกิริยาต่อเนื่องได้หลากหลาย จึงเหมาะสำหรับการปรับแต่งโครงสร้างเพื่อพัฒนายาใหม่ นอกจากนี้ยังใช้เป็นมาตรฐานหรือตัวอย่างในการวิเคราะห์ในห้องปฏิบัติการ