(S)-Morpholin-2-ylmethanol hydrochloride ใช้เป็นบล็อกก่อสร้างแบบ chiral ในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปที่ระบบประสาทส่วนกลาง มันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตสารประกอบที่บริสุทธิ์แบบ enantiomer ช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะของยารักษา นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการเตรียมลิแกนด์สำหรับการเร่งปฏิกิริยาแบบ asymmetric เพื่ออำนวยความสะดวกในการสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีการควบคุม stereochemical สูง บทบาทของมันในการสังเคราะห์อินทรีย์มีความสำคัญสำหรับการผลิตโมเลกุลที่ออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่มีศักยภาพในการรักษาความผิดปกติทางระบบประสาทและภาวะทางการแพทย์อื่นๆ