(R)-Morpholin-2-ylmethanol hydrochloride ใช้หลักในการวิจัยและพัฒนายาเภสัชในฐานะ chiral building block หรือสารประกอบ chiral สำคัญ เป็นสารกลางหลักในการสังเคราะห์สารชีวภาพต่าง ๆ โดยเฉพาะยาที่ขัดต่อโรคทางระบบประสาทและโรคหัวใจและหลอดเลือด ความเป็น chiral ทำให้มีคุณค่าต่อการผลิตยาแบบ enantiomerically pure ซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและลดผลข้างเคียงที่อาจเกิดขึ้น นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนายับยั้งโปรติเอส (protease inhibitors) และตัวแทนบำบัดอื่น ๆ สนับสนุนความก้าวหน้าด้านเคมียา