(1S,3R)-3-Aminocyclopentanol hydrochloride ถูกนำไปใช้หลักในการสังเคราะห์สารกลางทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนาโมเลกุลคิรัล สเตอรีโอเคมีของมันทำให้มีคุณค่าในการสร้างยาที่บริสุทธิ์ทางเอ็นแอนติโอเมอร์ ซึ่งสำคัญสำหรับผลกระทบทางบำบัดที่เจาะจงด้วยผลข้างเคียงน้อยที่สุด มันมักถูกใช้ในการผลิตยาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง ซึ่งการกำหนดค่ามолекุลที่แม่นยำจำเป็นต่อประสิทธิภาพ นอกจากนี้ยังทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโครงสร้างวงแหวนซับซ้อน ช่วยในการค้นพบสารประกอบชีวภาพใหม่ๆ รูปแบบไฮโดรคลอไรด์ช่วยเพิ่มความเสถียรและความละลาย ทำให้เหมาะสำหรับปฏิกิริยาเคมีและการปรุงแต่งต่างๆ