เบนซอยล์-แอล-ฮิสติดีน โมโนไฮเดรต ถูกนำมาใช้หลักๆ ในงานวิจัยทางชีวเคมีและการพัฒนายาเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์เปปไทด์และสารประกอบอินทรีย์ซับซ้อนอื่นๆ การประยุกต์ใช้นั้นขยายไปถึงการศึกษากลไกของเอนไซม์ โดยเฉพาะที่เกี่ยวข้องกับส่วนของฮิสติดีน เนื่องจากมีความคล้ายคลึงทางโครงสร้างกับฮิสติดีนตามธรรมชาติ นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปที่เส้นทางเมแทบอลิซึม และในการผลิตตัวแทนวินิจฉัยสำหรับตรวจจับกิจกรรมของเอนไซม์เฉพาะ สารประกอบนี้ยังมีความเกี่ยวข้องในการจัดทำผลิตภัณฑ์เสริมอาหารที่มุ่งเน้นการเสริมสร้างหน้าที่เมแทบอลิซึม