6-Chloro D-Tryptophan ใช้หลักๆ เป็นบล็อกสร้างที่มีคีรอลในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะที่มุ่งเป้าไปยังระบบประสาทส่วนกลาง ทำหน้าที่เป็นสารกลางในการผลิตตัวยับยั้งการนำเซโรโทนินกลับเข้า (SSRIs) และตัวยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทอื่นๆ เนื่องจากมีความคล้ายคลึงทางโครงสร้างกับไทรปโตเฟนธรรมชาติ จึงสามารถนำเข้าไปในยาที่มีฐานเป็นเปปไทด์เพื่อปรับความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและความเลือกสรรของตัวรับ ยังถูกใช้ในงานวิจัยเพื่อศึกษากลไกเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับ tryptophan hydroxylase และเอนไซม์เมแทบอลิซึมกรดอะมิโนหอมอื่นๆ การกำหนดคอนฟิกูเรชัน D ทำให้ต้านทานการย่อยสลายโดยเอนไซม์โปรติโอลิติกหลายชนิด ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบยาที่เสถียรทางเมแทบอลิซึม