3-(1-Naphthyl)-L-alanine Hydrochloride ใช้เป็นสารตั้งต้นหรือส่วนประกอบในการสังเคราะห์เปปไทด์ในงานวิจัยทางชีวเคมี โดยเฉพาะในการสร้างเปปไทด์ที่ปรับปรุงแล้วที่มีคุณสมบัติเพิ่มขึ้น เนื่องจากกลุ่มแนฟทิลมีคุณสมบัติเรืองแสงที่แข็งแกร่ง จึงมีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนาโพรบและตัวบ่งชี้เรืองแสงสำหรับการติดตามและการถ่ายภาพกระบวนการทางชีววิทยา นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาปฏิสัมพันธ์ของโปรตีนและกลไกของเอนไซม์ ซึ่งโครงสร้างที่ไม่เหมือนใครช่วยในการทำความเข้าใจจุดยึดเกาะและการเปลี่ยนแปลงทางคอนฟอร์เมชัน การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่การค้นพบยา โดยช่วยในการออกแบบยาระบบเปปไทด์ที่มีความเสถียรและกิจกรรมที่ดีขึ้น