(S)-1-(3-Fluorophenyl)ethylamine hydrochloride ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางเภสัชวิทยา โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาต้านอาการซึมเศร้าและยารักษาโรคทางจิตเวช นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ ๆ ที่มีฤทธิ์เฉพาะเจาะจงต่อตัวรับในสมอง ช่วยในการศึกษากลไกการทำงานของสารสื่อประสาทและปฏิกิริยาทางเคมีในร่างกาย