(S)-1,3-Dimethylpiperazine ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมในฐานะบล็อกสร้างทางชิราลสำหรับการสังเคราะห์ส่วนผสมยาสำคัญ (APIs) ต่างๆ โครงสร้างทางสเตอรีโอของมันทำให้มีคุณค่าในการสร้างสารประกอบที่บริสุทธิ์ทางเอนแอนติโอเมอร์ ซึ่งจำเป็นสำหรับการพัฒนายาที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะเจาะจงและผลข้างเคียงที่ลดลง โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีประโยชน์ในการผลิตยาที่มุ่งเป้าไปยังระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาแก้โรคจิตและยาต้านอาการซึมเศร้า เนื่องจากความเข้ากันได้ของโครงสร้างกับระบบสื่อประสาท นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลซับซ้อนสำหรับการบำบัดมะเร็งและสาขาการรักษาอื่นๆ ความหลากหลายของมันยังขยายไปถึงการวิจัยเกษตรเคมี ที่ซึ่งถูกใช้ในการพัฒนายาฆ่าแมลงและวัชยากรที่เลือกเฉพาะ