(S)-1-Cyclopropyl-2,2,2-trifluoroethan-1-amine hydrochloride ใช้เป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม มักนำไปใช้ในการพัฒนายาใหม่ๆ ที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทหรือโรคทางจิตเวช เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่มีความเฉพาะเจาะจง สามารถออกแบบให้มีประสิทธิภาพในการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพได้ดี นอกจากนี้ ยังมีการศึกษานำไปใช้ในกระบวนการค้นหายาที่มีฤทธิ์ต้านเชื้อจุลินทรีย์หรือไวรัสอีกด้วย