(S)-but-3-en-2-amine hydrochloride ใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีและเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตยาที่ต้องการโครงสร้างโมเลกุลเฉพาะทาง สารนี้มักเป็นสารตั้งต้นหรือตัวกลางในปฏิกิริยาอินทรีย์ เช่น การสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพหรือตัวยับยั้งเอนไซม์ นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในการศึกษาวิจัยทางเคมีเพื่อพัฒนายาใหม่ๆ หรือปรับปรุงกระบวนการผลิตให้มีประสิทธิภาพสูงขึ้น