(S)-2-Methylmorpholine hydrochloride ใช้อย่างแพร่หลายเป็นบล็อกก่อสร้างคิรัลในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชกรรมต่างๆ คุณสมบัติทางสเตรีโอเคมีของมันทำให้มีคุณค่าต่อการผลิตยาที่บริสุทธิ์ทางเอนานติโอเมอร์ โดยเฉพาะในการพัฒนาส่วนผสมยาสำคัญ (APIs) สำหรับโรคระบบประสาทส่วนกลาง

มันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการเตรียมสารประกอบเช่นยาแก้ประสาทหลอนและยาต้านซึมเศร้า ซึ่งสเตรีโอเคมีเฉพาะเจาะจงมีความสำคัญต่อกิจกรรมทางชีวภาพ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาหรือตัวเร่งในปฏิกิริยาแบบไม่สมมาตร ช่วยในการสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีความบริสุทธิ์ทางเอนานติโอเมอร์สูง

ในอุตสาหกรรมเกษตรเคมี มันถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์ยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชแบบคิรัล เพื่อให้เกิดการออกฤทธิ์แบบกำหนดเป้าหมายและลดผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อม ความหลากหลายในการทำปฏิกิริยาเคมีและบทบาทในการผลิตสารประกอบที่ออกฤทธิ์ทางแสงทำให้เป็นส่วนประกอบสำคัญในงานวิจัยและการผลิตทั้งในเภสัชกรรมและเกษตรเคมี