(S)-1-(2,4-Difluorophenyl)ethanamine hydrochloride ใช้ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยาต่าง ๆ โดยเฉพาะยาที่มีฤทธิ์ต้านเชื้อรา เนื่องจากโครงสร้างแบบ chiral ทำให้มีคุณค่าในการผลิตยาที่บริสุทธิ์ทางเอนานติโอเมอร์ ซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและลดผลข้างเคียง นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ โดยเฉพาะในด้านการรักษาเชื้อราและการติดเชื้อทางจุลินทรีย์ บทบาทในกระบวนการสังเคราะห์แบบความไม่สมมาตรยังช่วยในการพัฒนาโมเลกุลซับซ้อนที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะเจาะจง