(R)-1,1,1-ไตรฟลูออโร-2-บิวทิลามีน ไฮโดรคลอไรด์ ใช้หลักในการวิจัยเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างแบบคิรัลในการสังเคราะห์ยาต่าง ๆ โดยเฉพาะยาที่มุ่งเป้าไปยังโรคระบบประสาทส่วนกลาง กลุ่มไตรฟลูออโรเมทิลของมันช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพของสารประกอบที่ได้ นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนาสารเคมีเกษตร โดยโครงสร้างที่ไม่เหมือนใครช่วยในการสร้างยาฆ่าแมลงที่มีประสิทธิภาพและเลือกสรรได้มากขึ้น ลักษณะคิรัลของสารนี้ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์แบบอะซิมเมตริกเพื่อผลิตสารบริสุทธิ์แบบเอ็นแอนติโอเมอร์ ซึ่งมีความสำคัญต่อการผลิตส่วนผสมยาสำคัญเภสัชกรรมที่มีความบริสุทธิ์สูง