คานามัยซินซัลเฟตเป็นยาปฏิชีวนะที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในจุลชีววิทยาและชีววิทยาโมเลกุลเพื่อยับยั้งการเจริญเติบโตของแบคทีเรียในเพาะเลี้ยงเซลล์ โดยมีประสิทธิภาพสูงต่อแบคทีเรียแกรมลบและบางชนิดของแกรมบวก ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในห้องปฏิบัติการวิจัยสำหรับการคัดเลือกและรักษาเซลล์ที่ถูกดัดแปลงพันธุกรรม ในสถานพยาบาล ใช้รักษาการติดเชื้อรุนแรงที่เกิดจากแบคทีเรียที่ไวต่อยา รวมถึงวัณโรค เมื่อยาปฏิชีวนะอื่นไม่ได้ผล นอกจากนี้ ยังใช้ในทางการแพทย์สัตว์เพื่อรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียในสัตว์ ความสามารถในการรบกวนการสังเคราะห์โปรตีนในแบคทีเรียทำให้เป็นส่วนประกอบสำคัญทั้งในด้านบำบัดและการทดลอง