วานโคไมซินไฮโดรคลอไรด์ใช้หลักๆ เป็นยาปฏิชีวนะเพื่อรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียรุนแรงที่เกิดจากแบคทีเรียแกรมบวก มีประสิทธิภาพสูงต่อการติดเชื้อที่ดื้อต่อยาปฏิชีวนะอื่นๆ เช่น สแตฟิโลค็อกคัส ออเรียสที่ดื้อยาเมทิซิลลิน (MRSA) ยานี้มักให้ทางหลอดเลือดดำในโรงพยาบาลสำหรับภาวะเช่น ภาวะติดเชื้อในกระแสเลือด (sepsis), เอ็นโดการ์ไดติส, โรคปอดบวม, และการติดเชื้อที่ผิวหนังหรือกระดูกและข้อ ยังใช้ในกรณีที่ผู้ป่วยมีปฏิกิริยาแพ้รุนแรงต่อยาเพนิซิลลินหรือเซฟาโลสปอริน นอกจากนี้ วานโคไมซินไฮโดรคลอไรด์สามารถให้ทางปากเพื่อรักษาอาการท้องเสียที่เกี่ยวข้องกับคลอสตริเดียม ดิฟฟิซิเล ซึ่งเป็นการติดเชื้อในลำไส้รุนแรง การใช้ต้องเฝ้าระวังอย่างใกล้ชิดเนื่องจากผลข้างเคียงที่อาจเกิด เช่น ความเสียหายต่อไตและการสูญเสียการได้ยิน