บาซิทราซินใช้กันอย่างแพร่หลายเป็นยาปฏิชีวนะทั้งในทางการแพทย์มนุษย์และสัตวแพทย์ โดยใช้ทาเฉพาะที่เพื่อรักษาการติดเชื้อที่ผิวหนังเล็กน้อย แผลตัด และแผลถลอก มักพบในรูปแบบครีมและขี้ผึ้ง ในด้านจักษุวิทยา ใช้ในขี้ผึ้งสำหรับดวงตาเพื่อป้องกันหรือรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียที่ดวงตา บาซิทราซินยังรวมอยู่ในผลิตภัณฑ์ผสมกับยาปฏิชีวนะอื่นๆ เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพต่อแบคทีเรียในวงกว้าง ในทางปฏิบัติสัตวแพทย์ ใช้รักษาการติดเชื้อในสัตว์ โดยเฉพาะในปศุสัตว์ นอกจากนี้ บาซิทราซินบางครั้งถูกเติมลงในอาหารสัตว์เพื่อเป็นตัวกระตุ้นการเจริญเติบโต ช่วยเพิ่มประสิทธิภาพการกินอาหารและสุขภาพโดยรวม ความสามารถในการยับยั้งการสังเคราะห์ผนังเซลล์แบคทีเรียทำให้มีประสิทธิภาพต่อแบคทีเรียแกรมบวก สนับสนุนการใช้อย่างแพร่หลายในการควบคุมการติดเชื้อ