Ganciclovir ใช้หลักในการรักษาการติดเชื้อไวรัสไซโตเมกะโลไวรัส (CMV) โดยเฉพาะในผู้ป่วยที่มีระบบภูมิคุ้มกันบกพร่อง เช่น ผู้ป่วย HIV/AIDS หรือผู้รับการปลูกถ่ายอวัยวะ มีประสิทธิภาพในการจัดการ CMV retinitis ซึ่งเป็นการติดเชื้อตาที่ร้ายแรงซึ่งอาจนำไปสู่การตาบอดหากไม่ได้รับการรักษา นอกจากนี้ ganciclovir ยังใช้เป็นมาตรการป้องกันเพื่อลดความเสี่ยงของโรค CMV ในผู้ป่วยปลูกถ่ายอวัยวะ ยังใช้ในการรักษาการติดเชื้อไวรัส herpes อื่นๆ รวมถึง herpes simplex virus (HSV) และ Epstein-Barr virus (EBV) ในสถานการณ์ทางคลินิกเฉพาะ ยานี้มีให้ในรูปแบบต่างๆ เช่น ฉีดเข้าหลอดเลือด ดื่ม และ implantable ในตา เพื่อตอบสนองความต้องการทางการแพทย์ที่แตกต่างกัน การใช้ยานี้ต้องอยู่ภายใต้การดูแลของแพทย์อย่างใกล้ชิด เนื่องจากอาจมีผลข้างเคียงร้ายแรงได้