เบนซาลโคเนียมคลอไรด์เป็นสารที่มีการใช้อย่างแพร่หลายในหลายอุตสาหกรรม โดยเฉพาะในด้านการฆ่าเชื้อและทำความสะอาด ใช้เป็นส่วนประกอบหลักในผลิตภัณฑ์ทำความสะอาด เช่น น้ำยาล้างพื้น น้ำยาฆ่าเชื้อในห้องน้ำ และน้ำยาทำความสะอาดเครื่องมือแพทย์ นอกจากนี้ยังพบในผลิตภัณฑ์ดูแลส่วนบุคคล เช่น น้ำยาบ้วนปาก ยาสีฟัน และเจลทำความสะอาดมือ เนื่องจากมีคุณสมบัติในการฆ่าเชื้อแบคทีเรียและไวรัสได้อย่างมีประสิทธิภาพ ในอุตสาหกรรมอาหาร เบนซาลโคเนียมคลอไรด์ใช้เป็นสารฆ่าเชื้อในกระบวนการผลิตและบรรจุภัณฑ์ เพื่อป้องกันการปนเปื้อนของเชื้อโรค ในทางการแพทย์ ใช้เป็นสารฆ่าเชื้อในอุปกรณ์ทางการแพทย์และผิวหนังก่อนการผ่าตัด นอกจากนี้ยังใช้ในสระว่ายน้ำเพื่อควบคุมการเจริญเติบโตของสาหร่ายและแบคทีเรีย อย่างไรก็ตาม ควรใช้ด้วยความระมัดระวัง เนื่องจากอาจก่อให้เกิดการระคายเคืองต่อผิวหนังและดวงตาได้หากใช้ในปริมาณที่สูงหรือสัมผัสเป็นเวลานาน