เมทิล ซิส-6-ออคทาเดเซโนเอท มีการนำไปใช้ในด้านการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งเป็นสารกลางในการผลิตสารเคมีละเอียดและสารประกอบพิเศษต่าง ๆ ใช้ในการสร้างสารลดแรงตึงผิว ซึ่งจำเป็นสำหรับการปรุงสูตรผงซักฟอก อิมัลซิไฟเออร์ และสารทำความสะอาดอื่น ๆ นอกจากนี้ สารนี้ยังถูกนำไปใช้ในการพัฒนาสารหล่อลื่นและสารพลาสติไซเซอร์ โดยโครงสร้างทางเคมีที่เป็นเอกลักษณ์ช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความเสถียร ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์โมเลกุลชีวภาพที่ใช้งานได้ ช่วยในการพัฒนายาและสารรักษา นอกจากนี้ ยังใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเพื่อศึกษาการเผาผลาญลิพิดและกระบวนการชีวเคมีอื่น ๆ ให้ข้อมูลเชิงลึกที่มีค่าเกี่ยวกับการทำงานของเซลล์และเส้นทางต่าง ๆ