(S)-Naproxen Methyl Ester ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยาแก้อักเสบและยาแก้ปวดในกลุ่ม NSAIDs โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการผลิต (S)-Naproxen ซึ่งเป็นยาที่มีประสิทธิภาพสูงในการรักษาอาการปวดข้ออักเสบ ปวดกล้ามเนื้อ และอาการปวดอื่น ๆ นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาวิจัยทางเภสัชวิทยาเพื่อพัฒนายาชนิดใหม่ที่มีประสิทธิภาพและความปลอดภัยสูงขึ้น