ไฮโดรคลอโรไทอะไซด์ใช้เป็นยาขับปัสสาวะเป็นหลักในการรักษาความดันโลหิตสูงและการคั่งของของเหลวที่เกิดจากภาวะต่างๆ เช่น หัวใจล้มเหลว โรคไต หรือโรคตับ โดยการเพิ่มการผลิตปัสสาวะ ช่วยลดของเหลวส่วนเกินในร่างกาย ส่งผลให้ความดันโลหิตลดลงและบรรเทาอาการบวม มักถูกสั่งใช้เป็นส่วนหนึ่งของการรักษาแบบรวมกับยาลดความดันโลหิตชนิดอื่นเพื่อการควบคุมความดันโลหิตที่มีประสิทธิภาพมากขึ้น นอกจากนี้ ยังใช้บางครั้งเพื่อป้องกันนิ่วในไตในบุคคลที่มีระดับแคลเซียมสูงในปัสสาวะ ความสามารถในการจัดการสมดุลของเหลวและความดันโลหิตทำให้เป็นส่วนสำคัญในการรักษาโรคหัวใจและหลอดเลือดและโรคไต อย่างไรก็ตาม การใช้ยานี้ควรอยู่ภายใต้การดูแลของแพทย์เพื่อป้องกันผลข้างเคียงที่อาจเกิดขึ้น