เอโซเมพราโซล แมกนีเซียม ไตรไฮเดรต ใช้กันอย่างแพร่หลายในการรักษาโรคทางเดินอาหารที่เกี่ยวข้องกับกรดในกระเพาะอาหารมากเกินไป โดยหลักแล้วสั่งจ่ายสำหรับจัดการโรคกรดไหลย้อน (GERD) ซึ่งช่วยลดการผลิตกรด ลดอาการเช่น แสบร้อนกลางอกและการไหลย้อนของกรด นอกจากนี้ยังมีประสิทธิภาพในการรักษาเอโซฟาไจติส erosive ซึ่งเป็นภาวะที่กรดในกระเพาะทำลายเยื่อบุหลอดอาหาร ยังใช้ร่วมกับยาปฏิชีวนะเพื่อกำจัดเชื้อ Helicobacter pylori ซึ่งเกี่ยวข้องกับแผลในกระเพาะอาหารและลำไส้เล็ก ยานี้ยังใช้ในการป้องกันแผลในกระเพาะอาหารในผู้ป่วยที่ใช้ยา NSAIDs ระยะยาว ผลการกดการผลิตกรดที่ยาวนานทำให้เป็นตัวเลือกที่เชื่อถือได้สำหรับทั้งการบรรเทาอาการระยะสั้นและการจัดการระยะยาวของโรคที่เกี่ยวข้องกับกรด