วอริโคนาโซลถูกใช้เป็นยาต้านเชื้อราที่มีประสิทธิภาพสูง ในการรักษาการติดเชื้อรารุนแรง โดยเฉพาะในผู้ป่วยที่มีระบบภูมิคุ้มกันอ่อนแอ เช่น ผู้ป่วยที่ได้รับการปลูกถ่ายอวัยวะ ผู้ป่วยโรคมะเร็งที่กำลังรับเคมีบำบัด หรือผู้ป่วยโรคเอดส์ ยานี้ใช้รักษาการติดเชื้อราที่เกิดจากเชื้อ Aspergillus spp. และ Candida spp. ซึ่งอาจพบในปอด สมอง หรืออวัยวะอื่นๆ นอกจากนี้ยังใช้ในการป้องกันการติดเชื้อราในผู้ป่วยที่มีความเสี่ยงสูงอีกด้วย การใช้ยานี้ต้องอยู่ภายใต้การดูแลของแพทย์อย่างใกล้ชิด เนื่องจากอาจมีผลข้างเคียงรุนแรงได้