Vancomycin hydrochloride ใช้หลักในการเป็นยาปฏิชีวนะเพื่อรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียรุนแรง โดยเฉพาะที่เกิดจากแบคทีเรียแกรมบวก มักใช้สำหรับการติดเชื้อที่ดื้อยาปฏิชีวนะอื่น เช่น methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) ยังมีประสิทธิภาพในการรักษาการติดเชื้อเช่น endocarditis, meningitis, osteomyelitis, และ septicemia.

ในสถานพยาบาล มักให้ทางหลอดเลือดดำสำหรับการติดเชื้อระบบ หรือทางปากสำหรับรักษา Clostridioides difficile-associated colitis เนื่องจากดูดซึมผ่านทางเดินอาหารได้น้อย การใช้มักสงวนไว้สำหรับกรณีรุนแรงเนื่องจากความเสี่ยงของการดื้อยาและผลข้างเคียงที่อาจเกิด เช่น ความเสียหายต่อไตหรือสูญเสียการได้ยิน.

Vancomycin hydrochloride ยังใช้ในการป้องกันสำหรับผู้ป่วยที่ผ่าตัดบางชนิดหรือผู้ที่มีความเสี่ยงสูงในการติดเชื้อ เช่น ผู้ที่มีระบบภูมิคุ้มกันอ่อนแอ บทบาทในการต่อสู้กับการติดเชื้อที่เป็นอันตรายถึงชีวิตทำให้เป็นส่วนประกอบที่สำคัญในยาสมัยใหม่