ใช้ไธอะเบนดาโซลเป็นสารต้านเชื้อราในพืช โดยเฉพาะในการควบคุมโรคที่เกิดจากเชื้อราในผลไม้ เช่น ส้ม กล้วย และองุ่น ช่วยยับยั้งการเจริญเติบโตของเชื้อราและยืดอายุการเก็บรักษาผลไม้หลังการเก็บเกี่ยว นอกจากนี้ยังใช้ในสัตวแพทย์เพื่อรักษาพยาธิในสัตว์ เช่น หนอนในกระเพาะอาหารและลำไส้ โดยออกฤทธิ์ยับยั้งการสังเคราะห์ไมโครทูบูลในพยาธิ ทำให้พยาธิไม่สามารถดูดซึมอาหารและตายในที่สุด ยังมีการใช้ในมนุษย์เพื่อรักษาโรคพยาธิบางชนิดภายใต้การควบคุมของแพทย์