สารละลายควินินถูกใช้เป็นหลักในการรักษาโรคมาลาเรีย โดยเฉพาะมาลาเรียชนิดรุนแรงที่เกิดจากเชื้อ Plasmodium falciparum ที่ดื้อยาในบางพื้นที่ นอกจากนี้ ควินินยังมีการใช้ในกรณีที่มีอาการตะคริวตอนกลางคืน โดยเฉพาะในผู้สูงอายุ แม้ว่าการใช้ในลักษณะนี้จะมีข้อควรระวังและไม่แนะนำให้ใช้บ่อยเนื่องจากผลข้างเคียง ในอุตสาหกรรม สารละลายควินินมีการนำมาใช้เป็นสารให้รสขมในเครื่องดื่มบางชนิด เช่น ทอนนิกวอเตอร์ รวมถึงใช้เป็นฟลูออเรสเซนต์ในงานวิเคราะห์ทางชีวเคมี เนื่องจากสามารถเรืองแสงเมื่อสัมผัสกับแสงอัลตราไวโอเลต ทำให้ใช้ในงานวิจัยและห้องปฏิบัติการได้