ใช้ในงานวิจัยเพื่อศึกษากระบวนการอักเสบและการส่งสัญญาณทางลิพิด โดยเมทิลอะรัคิโดเนตทำหน้าที่เป็นอนุภาคจำลองที่เสถียรของกรดอะรัคิโดนิก ช่วยให้นักวิทยาศาสตร์สามารถตรวจสอบการเผาผลาญกรดไขมันไม่อิ่มตัวเชิงซ้อนและการผลิตไอโคซานอยด์ ซึ่งเป็นตัวกลางสำคัญในกระบวนการอักเสบ ภูมิคุ้มกัน และการสื่อสารระหว่างเซลล์ เนื่องจากมีความสามารถในการปรับเปลี่ยนกิจกรรมของเอนไซม์ เช่น ไซโคลออกซีเจนาสและลิโพออกซีเจนาส จึงถูกนำไปใช้ในการพัฒนายาแก้การอักเสบและการทำความเข้าใจการตอบสนองของเซลล์ในโรคต่าง ๆ เช่น ข้ออักเสบ หอบหืด และโรคหัวใจและหลอดเลือด นอกจากนี้ยังใช้ในไลโพโดมิกส์เพื่อติดตามชะตากรรมทางเมแทบอลิซึมและในงานเพาะเลี้ยงเซลล์เพื่อปรับเปลี่ยนองค์ประกอบลิพิดในเยื่อหุ้มเซลล์