ใช้ไมโคนาโซลเป็นสารต้านเชื้อราในทางการแพทย์ โดยเฉพาะในการรักษาการติดเชื้อราที่ผิวหนัง เช่น กลาก งูสวัด หรือเชื้อราที่เท้า (เชื้อราที่เท้าจากนักกีฬา) นอกจากนี้ยังใช้รักษาการติดเชื้อราในช่องปาก (ตุ่มขาวในช่องปาก) และการติดเชื้อราในช่องคลอด ซึ่งมักเกิดจากยีสต์ เช่น Candida albicans สามารถพบได้ในรูปแบบครีม โลชั่น ยาเหน็บ หรือยาอม ขึ้นอยู่กับตำแหน่งที่ติดเชื้อ ไมโคนาโซลมีฤทธิ์ยับยั้งการสร้างเยื่อหุ้มเซลล์ของเชื้อรา ทำให้เชื้อราไม่สามารถเจริญเติบโตและตายลง