ฟลักซาพิรอกซาด ใช้เป็นสารกำจัดเชื้อราในกลุ่ม succinate dehydrogenase inhibitors (SDHI) ซึ่งออกฤทธิ์โดยการยับยั้งระบบการหายใจของเชื้อรา ทำให้เชื้อราไม่สามารถผลิตพลังงานได้ ส่งผลให้การเจริญเติบโตของเชื้อราหยุดลง สารนี้นิยมใช้ในพืชเศรษฐกิจหลายชนิด เช่น ข้าวสาลี ถั่วเหลือง มันฝรั่ง และองุ่น โดยช่วยควบคุมโรคที่เกิดจากเชื้อรา เช่น เชื้อราสนิม โรคใบจุด และโรคโคนเน่า ฟลักซาพิรอกซาดมีฤทธิ์ทั้งแบบป้องกันและรักษา สามารถดูดซึมเข้าสู่เนื้อเยื่อพืชได้ดี จึงมีประสิทธิภาพในการป้องกันโรคได้ยาวนาน นอกจากนี้ยังมักถูกผสมกับสารกำจัดเชื้อราชนิดอื่นเพื่อเพิ่มช่วงการควบคุมโรคและลดความเสี่ยงของการดื้อยาในเชื้อรา ทำให้เป็นส่วนประกอบสำคัญในโปรแกรมการจัดการโรคพืชแบบยั่งยืน