ฟลูโคนาโซลเป็นสารต้านเชื้อราที่ใช้รักษาการติดเชื้อราในหลายรูปแบบ เช่น โรคติดเชื้อราในช่องปาก ช่องคลอด และผิวหนัง มักใช้ในการรักษาโรคเช่น หัวนมเป็นขุย หรือโรคที่เกิดจากเชื้อราแคนดิดา นอกจากนี้ยังใช้รักษาโรคเยื่อหุ้มสมองอักเสบจากเชื้อรา โดยเฉพาะในผู้ป่วยที่มีภูมิคุ้มกันต่ำ เช่น ผู้ติดเชื้อเอชไอวี ฟลูโคนาโซลมีทั้งรูปแบบรับประทานและฉีด ทำให้สามารถใช้ได้ทั้งผู้ป่วยนอกและผู้ป่วยใน โดยทั่วไปมีความปลอดภัยและออกฤทธิ์ได้ดีเมื่อใช้ตามแพทย์สั่ง