ฟลูโคนาโซลเป็นสารต้านเชื้อราที่ใช้รักษาการติดเชื้อราในหลายรูปแบบ โดยเฉพาะเชื้อราแคนดิดา ซึ่งสามารถก่อให้เกิดการติดเชื้อในช่องปาก ช่องคลอด และกระแสเลือด ฟลูโคนาโซลจึงใช้รักษาโรคเช่น งอกขาว หรือการติดเชื้อราในช่องปาก รวมถึงภาวะแคนดิเดียซิสในช่องคลอดและระบบทางเดินปัสสาวะ นอกจากนี้ยังใช้รักษาโรคเชื้อราที่ผิวหนัง เช่น หิดเชื้อรา หรือกลาก และใช้ในการติดเชื้อราในระบบประสาทส่วนกลาง เช่น คริปโตคอคคัล เมนิงโกเอ็นซีไฟลิส โดยเฉพาะในผู้ป่วยที่มีภูมิคุ้มกันต่ำ เช่น ผู้ป่วยเอดส์ ฟลูโคนาโซลสามารถรับประทานได้ทั้งแบบเม็ดและฉีดเข้าเส้นเลือด ทำให้ใช้ได้ทั้งในผู้ป่วยนอกและผู้ป่วยใน สารนี้มีการดูดซึมดีในร่างกายและกระจายตัวได้ทั่วร่างกาย รวมถึงในน้ำไขสันหลัง จึงเหมาะสำหรับการรักษาการติดเชื้อราที่ลุกลามหรือรุนแรง นอกจากนี้ ฟลูโคนาโซลยังใช้เพื่อป้องกันการติดเชื้อราในผู้ป่วยที่มีความเสี่ยงสูง เช่น ผู้ป่วยที่ได้รับเคมีบำบัดหรือผู้ที่อยู่ในภาวะภูมิคุ้มกันต่ำ ทำให้ช่วยลดอัตราการติดเชื้อและภาวะแทรกซ้อนจากเชื้อราได้อย่างมีประสิทธิภาพ