สารเบต้า-เอ็นโดซัลแฟน ใช้เป็นสารกำจัดศัตรูพืชในเกษตรกรรม โดยเฉพาะในการควบคุมแมลงศัตรูพืชชนิดต่างๆ เช่น เพลี้ย หนอน และแมลงกัดกินใบ โดยมักใช้ในพืชเศรษฐกิจ เช่น ฝ้าย ถั่ว ผัก และผลไม้ สารนี้ออกฤทธิ์โดยการทำลายระบบประสาทของแมลง ทำให้แมลงเป็นอัมพาตและตายในที่สุด อย่างไรก็ตาม สารนี้มีพิษสูงต่อสิ่งแวดล้อมและสัตว์น้ำ และสามารถสะสมในสิ่งมีชีวิตได้ จึงถูกห้ามใช้ในหลายประเทศภายใต้ข้อตกลงสตอกโฮล์มว่าด้วยสารเคมีอันตรายชนิดPersistent Organic Pollutants (POPs) เนื่องจากมีผลกระทบต่อสุขภาพมนุษย์และสิ่งแวดล้อมในระยะยาว