สารเบต้า-เอนโดซัลแฟน ใช้เป็นสารกำจัดศัตรูพืชในเกษตรกรรม โดยเฉพาะในการควบคุมแมลงศัตรูพืชชนิดต่าง ๆ เช่น เพลี้ย หนอน และแมลงกัดกินใบ ซึ่งพบได้บ่อยในพืชเศรษฐกิจ เช่น ข้าว ฝ้าย มันสำปะหลัง และผักบางชนิด สารนี้ออกฤทธิ์โดยการรบกวนระบบประสาทของแมลง ทำให้แมลงเป็นอัมพาตและตายในที่สุด เนื่องจากมีฤทธิ์แรงและย่อยสลายช้าในสิ่งแวดล้อม สารนี้จึงมีความเสี่ยงต่อสิ่งมีชีวิตอื่นนอกเป้าหมาย เช่น ปลา นก และสัตว์น้ำ รวมถึงอาจสะสมในห่วงโซ่อาหาร ทำให้มีการควบคุมการใช้อย่างเข้มงวดในหลายประเทศ และบางพื้นที่ห้ามใช้แล้วตามข้อตกลงสากล เช่น พิธีสารสต็อกโฮล์ม เนื่องจากเป็นสารอันตรายที่สามารถแพร่กระจายได้ไกลและมีพิษต่อระบบนิเวศ