สารเบต้า-เอ็นโดซัลแฟนเป็นสารกำจัดศัตรูพืชที่ใช้ควบคุมแมลงชนิดต่างๆ โดยเฉพาะแมลงที่เป็นศัตรูพืชในภาคการเกษตร เช่น เพลี้ย หนอน และแมลงวันผลไม้ นิยมใช้ในพืชผัก ผลไม้ และพืชเศรษฐกิจบางชนิด สารนี้ออกฤทธิ์โดยการทำลายระบบประสาทของแมลง ทำให้แมลงเป็นอัมพาตและตายในที่สุด อย่างไรก็ตาม สารนี้มีพิษสูงและย่อยสลายได้ช้าในสิ่งแวดล้อม จึงอาจสะสมในดิน น้ำ และห่วงโซ่อาหาร ส่งผลต่อสัตว์น้ำและสัตว์ป่า รวมถึงอาจเป็นอันตรายต่อมนุษย์หากสัมผัสในปริมาณมาก ด้วยเหตุนี้หลายประเทศจึงมีการจำกัดหรือห้ามใช้สารนี้อย่างเข้มงวด