ใช้ไซฟลูเฟนามิดเป็นสารกำจัดเชื้อราในพืช โดยเฉพาะสำหรับควบคุมโรคราแป้ง (powdery mildew) ที่เกิดจากเชื้อราในกลุ่ม Ascomycetes ซึ่งมักพบในพืชเศรษฐกิจหลายชนิด เช่น องุ่น แตงกวา แอปเปิ้ล และพืชผักบางชนิด ไซฟลูเฟนามิดออกฤทธิ์โดยยับยั้งการสร้างพลังงานในเซลล์ของเชื้อรา ทำให้เชื้อราไม่สามารถดำรงชีวิตและขยายพันธุ์ได้

มีการใช้ในรูปของสารพ่นทางใบ ซึ่งออกฤทธิ์ได้ทั้งแบบป้องกันและรักษาเบื้องต้น โดยสามารถซึมเข้าสู่ใบพืชและกระจายตัวได้อย่างรวดเร็ว ช่วยป้องกันการติดเชื้อใหม่และยับยั้งการแพร่กระจายของเชื้อราที่มีอยู่แล้ว

เนื่องจากมีฤทธิ์เฉพาะเจาะจงและมีความเป็นพิษต่ำต่อสิ่งแวดล้อมและสัตว์ไม่เป้าหมาย จึงเหมาะสำหรับใช้ในระบบการเกษตรที่ต้องการความปลอดภัยสูง เช่น การผลิตพืชอินทรีย์หรือพืชเพื่อการส่งออกที่ต้องมีมาตรฐานการตกค้างของสารเคมีต่ำ