ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ตัวยับยั้งปั๊มโปรตอน (PPIs) โดยเฉพาะโอเมพราโซลและยาที่เกี่ยวข้อง สารนี้มีบทบาทสำคัญในการสร้างโครงสร้างแกนพิริดีนที่จำเป็นสำหรับกิจกรรมทางชีวภาพของยารักษาแผลในกระเพาะอาหารเหล่านี้ กลุ่มคลอโรเมทิลช่วยให้เกิดปฏิกิริยาอัลคิเลชันหรือการจับคู่เพิ่มเติม ซึ่งช่วยให้สามารถติดตั้งส่วนเบนซิมิดาโซลในโมเลกุลยาสุดท้าย ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการผลิตยาเนื่องจากความตอบสนองและความเสถียรในสภาวะที่ควบคุม