สารคลอร์ไพริฟอสใช้เป็นสารกำจัดแมลงในภาคการเกษตร โดยเฉพาะในการควบคุมแมลงศัตรูพืชที่ทำลายพืชผัก ข้าวโพด ฝ้าย และพืชไร่ชนิดต่างๆ ซึ่งมีฤทธิ์โดยการยับยั้งการทำงานของเอนไซม์อะซีทิลโคลีเนสเทอเรสในระบบประสาทของแมลง ส่งผลให้แมลงเป็นอัมพาตและตายในที่สุด นอกจากนี้ยังใช้ควบคุมแมลงศัตรูในบ้านเรือน เช่น มด ปลวก และแมลงสาบ โดยสามารถใช้ได้ทั้งพ่นบริเวณรอบบ้านหรือฉีดพ่นในพื้นที่ที่มีการสะสมของแมลง อย่างไรก็ตาม การใช้สารนี้ต้องระมัดระวังเป็นพิเศษ เนื่องจากมีพิษต่อมนุษย์และสัตว์เลี้ยงหากสัมผัสในปริมาณมาก และอาจสะสมในสิ่งแวดล้อม โดยเฉพาะในดินและน้ำ ทำให้มีข้อจำกัดในการใช้ในหลายประเทศ