เบอร์เบอรีน คลอไรด์ ใช้ในด้านการแพทย์และสุขภาพหลายประการ โดยเฉพาะในการช่วยควบคุมระดับน้ำตาลในเลือด ทำให้เหมาะสำหรับผู้ที่มีภาวะน้ำตาลในเลือดสูงหรือโรคเบาหวานชนิดที่ 2 นอกจากนี้ยังมีฤทธิ์ช่วยลดระดับไขมันในเลือด เช่น ไตรกลีเซอไรด์และคอเลสเตอรอล จึงใช้ในการดูแลสุขภาพหัวใจและหลอดเลือด สารนี้ยังมีคุณสมบัติต้านการอักเสบและต้านจุลชีพ ช่วยในการรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียบางชนิด โดยเฉพาะในระบบทางเดินอาหาร เช่น ท้องร่วงจากแบคทีเรีย รวมถึงมีการศึกษาว่าอาจช่วยในการลดน้ำหนักและปรับสมดุลไมโครไบโอตาในลำไส้ ในทางแพทย์แผนโบราณ เบอร์เบอรีนถูกใช้มานานในรูปของสมุนไพรเพื่อขับพิษและรักษาโรคผิวหนัง ปัจจุบันจึงยังมีการนำมาใช้ในผลิตภัณฑ์เสริมอาหารและยาสมุนไพรเพื่อส่งเสริมสุขภาพโดยรวม