เบนซัลโคเนียม คลอไรด์ ถูกใช้อย่างแพร่หลายในผลิตภัณฑ์ฆ่าเชื้อและสารทำความสะอาด เนื่องจากมีฤทธิ์ต้านจุลชีพที่มีประสิทธิภาพต่อแบคทีเรีย ไวรัส และเชื้อรา จึงนิยมใช้ในน้ำยาล้างมือ น้ำยาฆ่าเชื้อพื้นผิว และผลิตภัณฑ์ดูแลสุขอนามัยส่วนบุคคล นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารกันเสียในยาหยอดตา ยาหยอดหู และผลิตภัณฑ์เวชภัณฑ์อื่น ๆ เพราะสามารถยับยั้งการเจริญเติบโตของจุลินทรีย์ได้โดยไม่ระคายเคืองต่อเยื่อบุในระดับที่ใช้ ในอุตสาหกรรม ใช้เบนซัลโคเนียม คลอไรด์ในการควบคุมการเจริญของแบคทีเรียในระบบหมุนเวียนน้ำ และในผลิตภัณฑ์ดูแลผ้า เพื่อลดกลิ่นและป้องกันเชื้อรา อย่างไรก็ตาม ควรใช้ด้วยความระมัดระวังในพื้นที่ที่มีความอ่อนไหว เช่น ดวงตาหรือผิวที่มีแผล เพราะอาจก่อให้เกิดการระคายเคืองได้ในบางกรณี