ใช้บาซิแทรซินเป็นยาปฏิชีวนะชนิดเฉพาะทางในการรักษาการติดเชื้อแบคทีเรีย โดยเฉพาะเชื้อแกรมบวก เช่น แบคทีเรียสแตฟฟิโลค็อกคัสและสเตรปโตค็อกคัส มักใช้ในรูปแบบของครีม ขี้ผึ้ง หรือยาหยอดตาเพื่อรักษาการติดเชื้อที่ผิวหนัง แผลเล็ก หรือการติดเชื้อที่ตาหรือหู ไม่ค่อยใช้ในรูปแบบฉีดหรือรับประทานเนื่องจากมีพิษต่อไต จึงนิยมใช้เฉพาะที่เป็นหลัก นอกจากนี้ยังมีการใช้ในสัตว์เลี้ยงและอุตสาหกรรมการเกษตรเพื่อควบคุมการติดเชื้อแบคทีเรียในสัตว์บางชนิด