สารอาร์ทีซูเนตใช้เป็นยาต้านมาลาเรียที่มีประสิทธิภาพสูง โดยเฉพาะในการรักษาโรคมาลาเรียรุนแรงที่เกิดจากเชื้อ Plasmodium falciparum ซึ่งอาจเป็นอันตรายถึงชีวิตได้ ยาชนิดนี้ออกฤทธิ์เร็วและช่วยลดปริมาณเชื้อในเลือดได้อย่างรวดเร็ว ทำให้เหมาะสำหรับการรักษาในสถานการณ์ฉุกเฉิน เช่น การฉีดเข้ากล้ามเนื้อหรือหลอดเลือดในผู้ป่วยที่ไม่สามารถรับประทานยาได้ นอกจากนี้ อาร์ทีซูเนตยังถูกศึกษาในด้านการใช้รักษาโรคอื่น ๆ เช่น มะเร็ง โดยมีงานวิจัยบางชิ้นแสดงว่าอาจช่วยยับยั้งการเจริญเติบโตของเซลล์มะเร็งได้ อย่างไรก็ตาม การใช้ในด้านนี้ยังอยู่ในขั้นตอนการวิจัยและยังไม่ได้รับการรับรองอย่างกว้างขวาง ในระบบสาธารณสุข อาร์ทีซูเนตมักใช้ร่วมกับยาต้านมาลาเรียชนิดอื่นในรูปแบบการรักษาแบบผสม (combination therapy) เพื่อป้องกันการดื้อยาและเพิ่มประสิทธิภาพในการรักษา